פעילויות בית תפילה ישראלי מתאפשרות הודות לתרומות נדיבות מהארץ ומחו”ל אשר רואים את חשיבות המפעל, והודות דמי חבר שנתיים של חברי הקהילה.
מיותר לציין שלמרות שהמדינה תומכת בבתי תפילה ובקהילות אורתודוקסיות, אין אנו נתמכים כלל על ידי גופים ממסדיים. יתרה מזו, עצם החלטתנו לקיים קהילה עצמאית שאינה משוייכת לזרם כלשהו, מונעת מאתנו לקבל תמיכה מהגופים המרכזיים של התנועות הליברליות בארץ ובחו”ל.
כך נוצר מצב שהתומכים בבית תפילה ישראלי הם בעיקר אנשים פרטיים וגופים נדבניים חלוצים המבינים את חשיבות העשייה של בית תפילה ישראלי, ומאמינים שמפעלים כמו שלנו, הבאים להציע אלטרנטיבה יהודית משמעותית ישראלית שוויונית, ליברלית, דינמית, מחוייבת לחברה הישראלית ובעלת משמעות – הוא צורך השעה.
הגופים העיקריים התומכים בנו הם: